Probablement les milieux les moins impactés par le changement climatique et ses effets, les milieux rupestres ne sont pas très bien connus sur la Réserve Naturelle. Le site présente une alternance d’affleurements rocheux acides et basiques. Les grandes falaises les plus proéminentes sont bien souvent des falaises calcaires, qui lorsqu’elles sont abritées du soleil présentent une belle diversité floristique en comparaison des socles acides. Sur ces parois froides, ont été inventoriées la Scrofulaire des Pyrénées (Scrophularia pyrenaica), et la Ramonde des Pyrénées (Ramonda myconi). Cette dernière est présente en nombre sur l’ensemble des falaises auxquelles elle est associée, surtout en versant Nord. Endémique des Pyrénées, elle est une relique de la dernière glaciation, considérée comme une des espèces les plus anciennes de la chaîne des Pyrénées. Sur le même type de paroi, mais cette fois-ci au Sud de la Réserve Naturelle, une dizaine de pieds de Scrofulaire des Pyrénées ont été détectés en 2023.