Hautement vulnérables au changement climatique et ses effets, les milieux humides de la Réserve Naturelle se retrouvent de manière très dispersée sur le territoire, parfois en contexte de pelouse, parfois en limite forestière, ou parfois en pieds de falaise. Ils concernent des petits suintements, des systèmes de « bas marais » sur des replats, des mégaphorbiais dans des endroits encaissés, ou bien encore des systèmes tourbeux, ombrotrophes et relativement fragmentés.

Ces habitats de milieux humides abritent une flore parfois typique : la Drosera à feuille ronde (Drosera rotundifolia), la Grassette à grandes fleurs (Pinguicula grandiflora subsp grandiflora), la Sphaigne colorée (Sphagnum capillifolium), l’Arabette de Soyer (Arabis Soyerii)… et sont le milieu de vie de nombreuses espèces animales ; des odonates comme le Cordulegastre bidenté (Cordulegaster bidentata), l’Agrion de Mercure (Coenagrion mercuriale); des amphibiens comme la Grenouille rousse (Rana temporaria), la Salamandre tachetée (Salamandra salamandra) et le Triton palmé (Lissotriton helveticus), etc. Ces cortèges sont souvent liés de près à la dynamique hydrique de ces milieux qu’ils utilisent tout au long de l’année ou pendant des moments clés.